การเฉลี่ยภาษีซื้อและภาษีซื้อต้องห้ามของสำนักงานฯ กรณีภาษีซื้อที่เกิดจากรายจ่าย ของสำนักงานฯ หากเป็นภาษีซื้อที่เกิดขึ้นจากการซื้อสินค้าหรือรับบริการมาเพื่อใช้ในกิจการ ของสำนักงานฯ ซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม และไม่เข้าลักษณะต้องห้าม ตามมาตรา 82/5 แห่งประมวลรัษฎากร สำนักงานฯ มีสิทธินำภาษีซื้อดังกล่าว มาหักออกจาก ภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 82/3 แห่งประมวลรัษฎากรได้นั้น สำนักงานฯ มีความเห็นและขอชี้แจงว่า
1. สำนักงานฯ เป็นองค์การมหาชน ซึ่งเป็นหน่วยงานของรัฐ มุ่งให้บริการสาธารณะ โดยมิได้มุ่งค้าหากำไร มีรายได้ประกอบด้วย
1.1 เงินที่รัฐบาลจ่ายให้เป็นทุนประเดิม
1.2 เงินอุดหนุนทั่วไปที่รัฐจัดสรรให้ ตามความเหมาะสมเป็นรายปี
1.3 เงินอุดหนุนจากภาคเอกชนหรือจากองค์กรอื่น และเงินหรือทรัพย์ที่มีผู้อุทิศให้
1.4 ค่าธรรมเนียม ค่าบำรุง ค่าตอบแทน ค่าบริการ และรายได้จากการดำเนินกิจการ
1.5 ดอกผลของเงินหรือรายได้จากทรัพย์สินของสำนักงานฯ
2. รายได้ทุกประเภท ตาม 1. สำนักงานฯ ได้ใช้จ่ายเงินไปเพื่อกิจกรรมหลัก ของสำนักงานฯ คือการสนับสนุนและส่งเสริมการพัฒนาอุตสาหกรรมซอฟต์แวร์ของประเทศ การพัฒนาบุคลากร การตลาด การลงทุน กระบวนการผลิต และการให้บริการที่ได้มาตรฐานสากล สร้างแรงจูงใจในการลงทุนด้านอุตสาหกรรมซอฟต์แวร์ สนับสนุนการค้นคว้าวิจัย ถ่ายทอดเทคโนโลยี ส่งเสริมให้เกิดความคุ้มครองด้านทรัพย์สินทางปัญญาสำหรับซอฟต์แวร์ การดำเนินกิจกรรมดังกล่าว สำนักงานฯ ได้นำเงินตาม 1. ไปใช้ และส่วนใหญ่มีผลตอบแทนเป็นผลผลิต ไม่มีผลตอบแทนเป็นรายได้ ทั้งนี้ ตามพระราชกฤษฎีกาการจัดตั้งสำนักงานฯ เงินงบประมาณที่เหลือจ่ายหรือรายได้ของสำนักงานฯ ไม่ต้องนำส่งคืนรัฐ แต่สามารถนำไปใช้ในการดำเนินการตามภารกิจในปีต่อไปได้ สำหรับภาษีซื้อที่เกิดจากรายจ่ายค่าสินค้าหรือบริการ ที่สำนักงานฯ ขอคืนภาษีซื้อนั้นเป็นภาษีซื้อที่เกิดจากรายจ่ายที่เกี่ยวเนื่องกับการดำเนินงานตามภารกิจในการส่งเสริมและสนับสนุนอุตสาหกรรมซอฟต์แวร์และอยู่ในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม
| 
