การประกอบกิจการให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลที่กระทำโดยผู้ประกอบการที่เป็นนิติบุคคลที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มนั้น หมายถึงกิจการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรตามมาตรา 77/2 วรรคสองและวรรคท้าย แห่งประมวลรัษฎากร สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปยังนอกราชอาณาจักร และในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรจึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง มีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอ้างว่าเป็นการทำธุรกรรม การประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักรหรือไม่ก็ตาม แต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์ คือการให้บริการรับขนสินค้า เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดว่าด้วยภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ดังนั้นแม้ในเดือนภาษีพิพาทโจทก์ซึ่งเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนถูกผู้ประกอบการจดทะเบียนอื่นเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มก็ตาม แต่ไม่ปรากฏว่าภาษีซื้อดังกล่าวเกี่ยวข้องโดยตรงกับกิจการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรหรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรที่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม โจทก์จึงไม่อาจนำภาษีมูลค่าเพิ่มที่ถูกเรียกเก็บดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร

                      สำหรับปัญหาตามอุทธรณ์ของจำเลยทั้งสี่ที่ว่า มีเหตุงดเบี้ยปรับทั้งหมดแก่โจทก์ตามคำพิพากษาศาลภาษีอากรกลางหรือไม่ เป็นการโต้แย้งดุลพินิจในการรับฟังพยานหลักฐานของศาลภาษีอากรกลางจึงเป็นอุทธรณ์ในข้อเท็จจริง เมื่อปรากฏว่า โจทก์ได้รับหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่ม จำนวน 2 ฉบับ ทุนทรัพย์ในการอุทธรณ์จึงต้องแยกพิจารณาตามหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มแต่ละฉบับ เพราะการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มแต่ละเดือนภาษีสามารถแยกจากกันได้ ดังนั้น สำหรับเดือนภาษีพฤศจิกายน 2547 โจทก์ได้รับหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มให้ชำระเบี้ยปรับตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จำนวน 2,209.17 บาท และคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ให้ลดเบี้ยปรับคงเหลือจำนวน 1,546.42 บาท จึงมีทุนทรัพย์พิพาทไม่เกิน 50,000.- บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ข้อเท็จจริง ตามมาตรา 25 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ. 2528 ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัยให้สำหรับเดือนภาษีนี้ คงมีปัญหาต้องวินิจฉัยตามอุทธรณ์ของจำเลยทั้งสี่เฉพาะหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มสำหรับเดือนภาษีกุมภาพันธ์ 2547 เท่านั้น เห็นว่า การที่โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มโดยนำภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 แห่งประมวลรัษฎากร มาคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม เป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไปย่อมอาจทำให้รัฐต้องเสียหาย แต่เมื่อโจทก์ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดี จึงเห็นควรลดเบี้ยปรับให้เรียกเก็บเพียงร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย