ตามหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาททั้ง 8 ฉบับ ระบุว่า เจ้าพนักงานของจำเลยได้แจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มละเบี้ยปรับสำหรับเดือนภาษีพิพาทโดยอาศัยอำนาจตามมาตรา 88 มาตรา 88/2 มาตรา 88/5 และมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร อันเป็นการระบุถึงข้อกฎหมายที่อ้างอิงแล้ว นอกจากนี้ในใบแนบหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มซึ่งอยู่ท้ายหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาททั้ง 8 ฉบับ ยังได้ระบุว่า จากการตรวจปฏิบัติการภาษีมูลค่าเพิ่มปรากฏว่า โจทก์ประกอบกิจการให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลชื่อว่า “ทอร์ซัน” ในเดือนภาษีที่ตรวจปฏิบัติการ เรือเดินทะเลลำดังกล่าวให้บริการนอกราชอาณาจักรซึ่งฐานภาษีไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม ภาษีซื้อที่โจทก์แสดงไว้ในแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่ม (ภ.พ.30) เป็นภาษีซื้อต้องห้ามตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร อันเป็นการระบุถึงข้อเท็จจริงอันเป็นสาระสำคัญ ทั้งข้อพิจารณาและข้อสนับสนุนการใช้ดุลพินิจในการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มและเบี้ยปรับสำหรับเดือนภาษีพิพาทแล้ว ถือว่า หนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาทเป็นคำสั่งทางปกครองที่จัดให้มีเหตุผลชอบด้วยมาตรา 37 วรรคหนึ่ง แห่งพระราชบัญญัติ วิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539 
                      การดำเนินธุรกิจของโจทก์ที่ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศจากประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งโดยเรือเดินทะเลมีการประกอบกิจการหลายกิจการ มีทั้งให้บริการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักร จากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร และจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง แม้ตามประมวลรัษฎากรจะไม่ได้ให้ความหมายไว้ว่า “การขนส่งระหว่างประเทศ” ที่ให้ผู้ประกอบการนิติบุคคลใช้อัตราภาษีร้อยละ 0 ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 80/1 (3) แห่งประมวลรัษฎากร หมายถึงกิจการในลักษณะใดบ้างก็ตามแต่บทบัญญัติในมาตราดังกล่าวก็ต้องอยู่ภายใต้บังคับของมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ที่บัญญัติว่า
                      “การกระทำกิจการดังต่อไปนี้ในราชอาณาจักร ให้อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดนี้
                       (1) การขายสินค้าหรือการให้บริการโดยผู้ประกอบการ
                       (2) การนำเข้าสินค้าโดยผู้นำเข้า
                       การให้บริการในราชอาณาจักรให้หมายถึง บริการที่ทำในราชอาณาจักรโดยไม่คำนึงว่าการใช้บริการนั้นจะอยู่ในต่างประเทศหรือในราชอาณาจักร
                       การให้บริการที่ทำในต่างประเทศและได้มีการใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร ให้ถือว่าการให้บริการนั้นเป็นการให้บริการในราชอาณาจักร”
                       ดังนั้น การขนส่งระหว่างประเทศที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มนั้น จึงหมายถึง การขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร การพิจารณาว่า กิจการส่วนใดของโจทก์อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มจึงต้องแยกพิจารณาเป็นรายกิจการ หาใช่ว่า เมื่อกิจการของโจทก์เป็นการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศจากประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งแล้วจะถือเป็นกิจการที่ทำในราชอาณาจักร และอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มทั้งหมดตามที่โจทก์อุทธรณ์ไม่ สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรและในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้านอกราชอาณาจักรจากประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งมีลักษณะเป็นการให้บริการและใช้บริการนั้นนอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอุทธรณ์ว่า มีการทำธุรกรรม การประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักรก็เป็นเรื่องการบริหารจัดการภายในของโจทก์เอง ซึ่งเป็นเรื่องปกติทั่วไปของทุกกิจการที่ต้องจัดให้มีการบริหารงานภายในของตนในการประกอบกิจการแต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์ คือการให้บริการรับขนสินค้า เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการ ที่ไม่มีส่วนใดได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดว่าด้วยภาษีมูลค่าเพิ่ม ตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มได้ ดังนั้น เมื่อไม่ปรากฏว่าภาษีซื้อพิพาทดังกล่าวเกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของโจทก์ในส่วนกิจการขนส่งจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรหรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรซึ่งอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มอย่างไรโจทก์ซึ่งเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนจึงไม่อาจนำภาษีซื้อที่ถูกเรียกเก็บในแต่ละเดือนภาษีพิพาทดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของโจทก์ตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร การที่โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีพิพาทที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไป จึงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามกฎหมาย การที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์มีคำวินิจฉัยให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว
                      ส่วนที่โจทก์อุทธรณ์ขอให้ลดเบี้ยปรับซึ่งเป็นปัญหาข้อเท็จจริงนั้น สำหรับเดือนภาษีกรกฎาคม 2547 เดือนภาษีกันยายน 2547 เดือนภาษีตุลาคม 2547 และเดือนภาษีธันวาคม 2547 ถึงเดือนภาษีมีนาคม 2548 มีทุนทรัพย์พิพาทเดือนละไม่เกิน 50,000.- บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัยให้ สำหรับเดือนภาษีสิงหาคม 2547 นั้น เห็นว่า การกระทำของโจทก์อาจทำให้รัฐต้องเสียหาย การที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์พิจารณาลดเบี้ยปรับให้ คงเหลือร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย นับว่าเป็นคุณแก่โจทก์มากแล้ว

์